归纳论是被人们越来越有意识地用所谓假说-演绎法取代的。这个方法的第一步是“推测”（达尔文语），也就是说建立一个假说。第二步是进行实验或积累观察以便检验假说。Ghiselin（1969），Hull（1973a），Ruse（1975b）曾就达尔文运用这一方法的情况作过非常精采的阐述。这一方法具有强烈的常识气息，人们也可以议论这方法早已暗含在亚里斯多德的方法中，笛卡尔学派的演绎论（deductivism）很大一部分也确实包含了这一方法。虽然当十八世纪归纳论盛极一时的时候演绎法的光彩一度被掩盖，但在十九世纪时它已成为占优势的方法。
假说-演绎法之所以被广泛采用是因为它具有两大优点。首先，它和当时日益增强的信念非常合拍。这信念就是：没有绝对真理以及所有的结论和学说要不断地被检验。其次，与新的相对主义（relativism）相关联，它鼓励不断地建立新学说并寻求新的实验和观察用来证实或否定新假说。它使科学具有更大的伸缩性和进取精神，并使得某些科学争论不如前此激烈，因为这些争论已不再涉及为终极真理而斗争的胜负成败问题。
　　科学家实际运用假说-演绎法究竟到甚么程度是有争议的。Collingwood（1939）讲得很好，他认为假说总是对一个问题所作的试深性回答，而提出问题才真正是走向建立学说的第一步。科学史上不乏这样的例子，即一位研究人员掌握了建立一个新学说所必需的一切重要事实，但就是提不出正确确切的问题。如果承认提出问题的重要性，那末紧接着就引出了新的疑问：首先，为什么提出这个问题，回答必定是因为一位科学家观察到了一些他所不了解的事情，或者这些事情的原因不清楚，或者是他遇到了一些表面看来是矛盾的现象而他又想去排除这矛盾。换句话说，对事物的观察引出了问题。
当然，反对演绎法的人会提出这些事物本身决不会形成学说，这完全正确。只有当一个爱追根究底的人提出一个重要问题时这些事物才有意义。叔本华曾经说过，具有创造性思维的人才会“想到人从未想过的事，注视着每个人都看到了的事”。因此归根到底想象力才是科学进步的最重要前提。
假说一演绎法，就其本质来说是发现新事物的现代科学方法，虽然在建立试探性假说之前必须先有观察并提出问题。